Am 01.01.1868 kam es zur Errichtung des sog. Rentamtes Rosenheim, das zu diesem Zeitpunkt die Landgerichtsbezirke Rosenheim und Prien umfasste . Neben dieser Behörde existierten in der Region weiterhin die benachbarten Rentämter Aibling und Wasserburg mit den entsprechend zugehörigen Landgerichtsbezirken.

Rosenheim wurden im Lauf der Jahre mehrere Gemeinden nördlich und nordwestlich des Chiemsees zugeteilt und somit die auch heute noch bestehende Grenze des Zuständigkeitsbereichs hergestellt.

Die Neuorganisation der Rentämter von 1903 ließ den Umfang der bestehenden Ämter Aibling, Rosenheim und Wasserburg unverändert, mit Wirkung vom 01.10.1919 wurden diese in Finanzämter umbenannt. 1932 schließlich wurde das Finanzamt Aibling aufgelöst und sein Bezirk mit dem des Finanzamtes Rosenheim vereinigt.

Nach Kriegsende am 08.05.1945 wurden die Finanzbehörden des Reiches von den neu bestellten Länderregierungen als Landesbehörden weitergeführt. Auch nach Errichtung der Bundesrepublik Deutschland änderte sich nichts an diesem Status.

Eine weitere organisatorische Änderung erfolgte mit der Aufhebung des Finanzamtes Wasserburg zum 30.06.1973 und der Aufteilung seines Zuständigkeitsbereiches auf die Ämter Rosenheim mit der Außenstelle Wasserburg, Ebersberg, Erding und Mühldorf. Da jedoch eine sofortige Unterbringung des Personals und der Steuerakten in Rosenheim nicht möglich war, wurde die heute noch bestehende Außenstelle Wasserburg eingerichtet, die im Dienstgebäude des aufgelösten Amts verblieb. Trotz des Verlustes des Finanzamtsstatuses behielt die Dienststelle Wasserburg weiterhin einen eigenen Amtsbezirk.

Im Rahmen einer Neuorganisation und Optimierung der Finanzamtsaußenstellen im April 2002 wurden u.a. die Amtsbezirke des Stammamtes Rosenheim und der Außenstelle Wasserburg zu einem gemeinsamen Amtsbezirk zusammengelegt. Die Aufgabenabgrenzung zwischen den beiden Dienststellen richtet sich seither nicht mehr nach regionalen Gesichtspunkten, sondern nach anderen kriterien, wie den Namen der Steuerbürger. In beiden Dienststellen wurden für den parteiverkehr Servicezentren eingerichtet, in welchen die Bürgerinnen und Bürger unabhängig davon, welche Dienststelle zuständig ist, ihre laufenden steuerlichen Angelegenheiten erledigen können.

Im April 2014 ging die Verwaltung der Kraftfahrzeugsteuer von den Ländern auf den Bund über. Zuständig für die Festsetzung und Erhebung der Kraftfahrzeugsteuer ist seither die Zollverwaltung.

Zum 01.11.2014 wurde die Finanzkasse des Finanzamts Rosenheim mit der Außenstelle Wasserburg aufgelöst. Die Abwicklung des Zahlungsverkehrs übernahm die zentralisierte Finanzkasse beim Finanzamt Traunstein.

Bei der Mitte des 13. Jahrhunderts erfolgten Ämterbildung wurde das Herzogtum Bayern in Pflegeämter eingeteilt, an deren Spitze meist ein Adeliger als Pfleger stand.

Die Gerichtsbefugnisse hatte der Landrichter. Verwaltung und Rechtspflege waren also schon getrennt. Den äußeren Ämtern standen die Kastner vor. Die wichtigste landesherrliche Einnahme bildete das Getreide, das im Herzogkasten gesammelt und aufbewahrt wurde. Der Kastner saß, wie auch die anderen äußeren Beamten, auf der Burg zu Wasserburg. Er hatte seiner vorgesetzten Stelle, seit Beginn des 14. Jahrhunderts waren dies die Rentmeisterämter, Rechnung zu legen.

Von 1447 bis 1503 befand sich auf der Burg zu Wasserburg sogar ein Rentmeisteramt. Es umfasste das Gebiet der Stadt Wasserburg, des Amts Edling, der Pflegen Kling, Wildenwart, Ölkofen, der Städte und Pflegen Kufstein, Rattenberg und Kitzbühel.

1471 legte die Infrastruktur den Aufgabenbereich des Wasserburger Rentmeisters fest. Diese Rentmeisterordnung wurde später für ganz Bayern als Geschäftsanweisung übernommen. Danach zählten die Kastner, Mautner, Ungelter, Gerichtsschreiber, Scherger zu den Unterbeamten. Der Rentmeister, dem drei Gegensitzer beigegeben waren, war der Vorsitzende, Leiter und eigentliche Finanzbeamte. In der Rentmeisterordnung wurde erstmalig geregelt: Rechnungslegung, Kassenführung, Kanzleitechnik, Münzordnung; sie enthielt auch Anweisungen für den Kastner.

1567 kam die gefreite und unabhängige Reichsgrafschaft Haag an Bayern. Sie erhielt ein Landgericht und ein Kastenamt.

1803 wurden die Landgerichte Wasserburg und Haag vereinigt, das churfürstliche Kastenamt Wasserburg zu einem Rentamt erhoben und in Haag ein Rentamt errichtet.

1807 wurde das Rentamt Haag dem Rentamt Wasserburg eingegliedert; der Umfang entsprach etwa dem späteren Finanzamtsbezirk Wasserburg.

Am 1. Oktober 1919 wurden die bayerischen Rentämter in die Reichsfinanzverwaltung überführt. Sie hießen in der Folge Finanzämter.

Der Bezirk des Finanzamts umfasste bis 30.06.1973 den Landkreis Wasserburg mit der Stadt Wasserburg, 4 Markt- und 22 Landgemeinden mit einer Gesamtfläche von 651 qkm und 53.670 Einwohnern.

Durch die Neugliederungs-VO vom 27.12.1971 wurde der Landkreis Wasserburg am Inn aufgelöst und den Landkreisen Rosenheim, Mühldorf, Erding und Ebersberg zugeteilt.

Aufgrund der FA-ZustV vom 11.04.1973 wurde auch das Finanzamt Wasserburg am Inn ab 01.07.1973 aufgelöst. Der Amtsbezirk wurde entsprechend der Landkreis-Neugliederung den Finanzämtern Rosenheim, Mühldorf, Erding und Ebersberg zugeteilt. Die durch FinMin.Bek. vom 27.06.1973 ab 01.07.1973 errichtete Außenstelle Wasserburg umfasste neben der Stadt Wasserburg 11 Gemeinden des ehem. Landkreises Wasserburg am Inn mit einer Gesamtfläche von 327 qkm und ca. 40.000 Einwohnern.

Seit der Neustrukturierung der Aufgabengebiete im April 2002 besteht für die Außenstelle Wasserburg kein örtlich abgegrenzter Amtsbezirk mehr.

Von seinen Anfängen als Kastenamt im 13. Jahrhundert bis zum Jahre 1912 war das bayer. Rentamt Wasserburg in einem Gebäude der Burg zu Wasserburg untergebracht.

1911/12 wurde das dringend notwendige neue Amtsgebäude vom Land Bayern an der Rosenheimer Straße 16, rechts des Inns, errichtet um am 1. Juli 1912 bezogen. Die Herstellungskosten betrugen 104.022 Mark.